《小鸡快跑2》的故事讲述女主角——母鸡金吉(桑迪·纽顿 配音)和伙伴们从农场逃出来后,在一个没有人类的小鸡乐园过着幸福自由的生活,她和公鸡洛基还生了个女儿叫茉莉。这种岁月静好的生活很快又遭遇新的威胁,因为在外面的世界还有很多鸡惨遭人类的毒手!金吉冒着牺牲自由的风险,集结大家伙去完成一项不可能完成的任务,以拯救同类的命运!故事围绕科幻杂志《宇宙探索》编辑部的主编唐志军这个人物而展开,一直痴迷于科幻,唐志军致力于寻找外星文明,几十年都没有收获,终于有一天收到了一个奇异的信号,基于此,展开一个寻找外星人的故事。